根据农村宅基地上房屋转让合同主体的差异，可以将农村宅基地上房屋转让合同纠纷分为三类：一是农村本集体经济组织成员之间的纠纷;二是农村本集体经济组织成员与外集体经济组织成员之间的纠纷;三是农村本集体经济组织成员与城镇居民之间的纠纷。因为合同主体的不同，在适用法律认定宅基地上房屋转让合同效力时也会得出不同的结论。
1、对农村本集体经济组织成员之间农村房屋转让合同应认定有效。因购买者是本集体经济组织成员，宅基地使用权可以在本集体成员内部流转。因此，对本集体经济组织成员之间农村房屋转让，只要转让双方所订立的转让合同符合合同法关于有效合同要件，就应当认定转让合同有效。
2、本集体经济组织成员与外集体经济组织成员之间的房屋转让合同应认定有效。我国相关法律、法规虽然禁止将农村宅基地使用权向本集体经济组织成员以外的人转让，但对农村居民转让房屋所有权并无禁止性规定，而国家相关政策也无禁止向本集体经济组织外的农村居民出售房屋的规定。因此，对这类农村房屋转让合同，只要其符合合同法关于有效合同其他要件，也应依法认定为有效合同。
《土地管理法》第六十二条第四款规定：“农村村民出卖、出租住房后，再申请宅基地的，不予批准”。
《土地管理法》第六十二条第一款规定：“农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。”由此可知，该法并未禁止农村房屋的买卖和出租。